Berkin kim? (Gezi Olayları)

Poliste kask, tabanca, cop ve kalkan. Ve son teknoloji şiddet makineleri. Polis onca saattir uykusuz, polis kızgın, polis ırkçı, polis cahil, polis beklemede...

Derken polis saldırıyor, gaz fişeğiyle yakarken su tazyiki ile söndürüyor. Telsiz sesleri ve köşeye sıkışmış toplum parçaları ve yitip giden bir çocuk.

Devlete göre karşılarındaki bir anarşi, Sovyet' in acı hediyesi, Amerikan kışkırtması veya devlet düşmanları.

Az Söz

Çok okudum, hep yazdım.
Aklıma düştü, siliverdim.
Unuttum, beklettim, damıttım,
Süze süze kendimi yittim.

Bir kitap bir cümledir,
Bir tanrı bir masal.
Bir yüzyıl bir saat iken,
Bir var bir yok oldum.

23.08.2018 (Yale)

Kuantum'a göre evrim pekâlâ tamamiyle mümkündür.

Niğde Üniversitesi' nde hoca olan orhan yalçına göre evrim kavramı kuantum fiziğinin teorilerine ters geliyormuş. Bunu da bir kaç başlık altında açıklamış.

http://www.timeturk.com/tr/2013/06/08/kuantum-a-gore-evrim-imkansiz.html

ilk yaptığı; kuantum boyutundaki şeylerin fonksiyonlarında değişme meydana gelemeyeceğini iddia etmek olmuş. bunu da Wolfgang Pauli' nin 1900'lü yıllarda öne sürdüğü Pauli' nin dışlama ilkesi' ne dayandırmış. Aslında bu teoriye göre iki fermiyon (ör: elektron) aynı kuantum pozisyonunda bulunamaz. Burada kuantum pozisyonundan bahsediliyor bir çemberden değil. hocanın dediğine göre çemberler (ona göre orbitalmiş.) üzerinde oturuyormuş elektronlar. Elektronların yörüngesi olduğuna dair teoriler, kuantumun olasılıkla bir hayli iç içe geçmiş olduğunun anlaşıldığı 1900'lü yılların ortalarına kadar kabul görmüştü. O ne büyük acıdır ki batının geri kalmış diyerek 50 - 60 yıl önce kitaplarından çıkardığı bu olgu ülkemizde hala nedense kabul görüyor, bilim insanları arasında bile. Fakat o zamandan beri bilim dünyası elektronların bulunma ihtimalinin yüksek olduğu yarı tanımlı alanlardan bahsedebildiklerini söylüyorlar. Çünkü Heisenberg' in Belirsizlik ilkesi gereğince bir elektronun yerini tahmin etmek istediğimiz vakit hızını tahmin edemez hale geliyoruz. Elektronun nerede olduğunu belirlemek için bir cinlik yapıp, çok kısa zaman aralıkları tanımladığımızda o elektronun hız, yön, doğrultu, enerji gibi özelliklerinde var olan belirsizliklerin inanılmaz ölçüde arttığını ve elde edilebilecek değerlerin anlamsızlaştığını biliyoruz. Konumuza geri dönersek, hocanın Pauli dışlama ilkesini bilmediğini net olarak söyleyebiliriz. Öte yandan hocanın önermesi doğru; yani bir kuantum parçacığının fonksiyonunda bir değişme meydana gelmez, kanıtlanan bir şey değil bu fakat henüz bir kuantum parçacığının fonksiyonunda bir değişiklik meydana gelmedi. Yani elektron hep elektron gibi davrandı. Fakat bazı kuantum parçacıkları birleşebilir ve yeni bir parçacık meydana getirebilir. buna bir evrim denemez zaten, sentez denebilir. Dolayısıyla hocanın ilk önermesi doğru. Fakat bu doğru önerme ile açıklamaya çalıştığı şey yanlış.

Demiş ki; kuantum boyutunda fiziksel bir yapının elektronları ne işlev görüyorsa canlı bünyesi için de, hücre için de iyonlar kuantum boyuttadır ve hücrenin alt yapısıdır demiş. Her ne kadar her maddede elektron bulunsa da (hücre mücre her şey dahil) hocanın yaptığı şeyi çok kötü bir benzetme olarak kısmen kabul edebilirim. Fakat hücrede meydana gelen bütün faaliyetlerin iyon kanalları ve iyonlar aracılığıyla meydana geldiği kabulü biraz maksadını aşan bir genelleme yazarın niyetinin bozulduğundan emin olduğumuz nokta. Çünkü daha sonra bir genelleme ile iyonlar değişmediğine göre hücre de değişemez demiş.

Hücre dinamiklerinde rol alan bazı üyeler vardır. Bunlar yöneticiler ve yönetilenler olarak ikiye ayrılabilir. Fakat hücrenin durumuna göre yönetilenler yönetici, yöneticiler yönetilen olabilir. Örneğin proteinler duruma ve pozisyona göre yöneten ya da yönetilen olabilir. Mesela bir protein bir diğerinin yıkılmasını yürütüyorken kendisini de yıkan bir başka protein bulunabilir. Aynı şekilde çeşitli kimyasallar, sinyal moleküller ve iyonlar da aynı şekilde her iki görevi de üstlenebilir. Fakat onların böyle yapmaları hiçbir zaman tek başlarına kendi kontrollerinde değildir. Karmaşık bir sistem (hücre) in elemanı olduğu takdirde bu imkanları kullanabilecek bir yeteneğe kavuşur. Bunun aksine, iyon denizi diyebileceğimiz bir tuzlu su, tek başına hiç bir fonksiyonu yerine getirme yeteneğinde değildir. Hücrenin karmaşıklığını iddia ederken bahsetmek istediğimiz şey çok sayıda molekülün ve metalin çok karmaşık bir ağ içinde düzenli bir şekilde yer alarak, nesilden nesile benzer karmaşık fonksiyonları yerine getirmede başarılı olmaktadır. Fakat ufak değişiklikler bazen mevcut sistemin karmaşıklığını artırsa da fonksiyonun başarımının arttığını görürüz. Fakat fonksiyondaki artış her zaman doğru şey değildir. Örneğin çok hızlı ve fazla enerji üreten bir organizma, çok fazla enerji kaynağına ihtiyaç duyacağından bu enerji ihtiyacını karşılaması mevcut doğada binlerce nesil boyunca zor olabilir. Hatta sırf bu sebepten dolayı nesli tükenebilir. Dolayısıyla en güçlü, hızlı, enerjik, çevik, zeki gibi özellikler her ortam şartında size fayda sağlamaz. Eğer bir canlı ortam şartlarını bir şekilde algılayarak ona uyum sağlarsa veya doğuştan gelen uyum yeteneği varsa o ortamda yaşayabilir. ortam şartları değişirse de yeni şartlara uyum göstermek mecburiyetindedir, yoksa nesli tükenir. Buna biyolojide "seçilim" diyoruz. Doğal ya da yapay olan seçilim kavramı sayesinde kuş sınıfından olduğu bilinen tavukların neden uçma becerilerini fazlaca kaybettiklerini, neden doğada bu kadar çok tür olduğunu veya neden balinaların memeli sayıldıklarını açıklayabiliriz. Ve daha bir sürü soruya cevap verebiliriz. Eğer bir karmaşıklık bir canlının hayatta kalma yetisini güçlendiriyorsa o karmaşıklık o canlıda korunur ve nesilden nesile aktarılarak taşınır. Küçük değişikliklerin (karmaşıklık) sebebini ise bilim bugün çok başarılı bir şekilde mutasyon gerçeğiyle açıklamakta.

Evrimsiz bir sistemin ömrüne dair hesaplamalar bile evrim kavramının, doğanın milyonlarca hatta milyarlarca yıldır süregelen organik dengesini sağlamak için gerekli olan dinamizm değişkenini sağladığını kanıtlayabilir.  Big bang' e inanan evrime inanmayan sözde "bilim insanları" big bang' in de makroevrim dediğimiz bir kavramın bir konusu olduğunu bilmeliler. Ama dedim ya; sözde bilim insanı onlar, nereden bilsinler !

Biyolojinin big bang' i olarak görülen "kendini kopyalayabilen ilk molekül" bize kadar ulaşan hayatın ilk temsilcisi ve Gerçek Adem' i oldu. Bu Adem gözle görülemeyecek boyuttaydı ve büyük ihtimalle RNA' ya çok benziyordu. Bu Adem' in çok ıslak bir toprakta doğduğuna inanabiliriz çünkü bu molekülün toprakta bulunan Karbon, Hidrojen, Oksijen, Azot, Sülfür gibi atomların uygun şekilde bir araya gelmesi için su ve toprak bir arada çok uygun bir ortam oluşturmakta. Eğer daha önceden ya da şu anda doğada başka başarısız denemeler olduysa da bilemiyoruz, çünkü gözlemlerimize göre o günden bu güne kadar DNA (deoksiribonükleik asit) veya RNA (Ribonükleik asit) bazlı olmayan bir canlı bulunmamakta. Öte yandan işin ilginci, ikinci bir biyolojik Big Bang' in önünde pratik manada bir engel bulunmamakta, yani hayat başka bir şekilde (büyük ihtimalle RNA yerine başka bir kopyalayıcı molekül kullanarak) yeniden başlayabilir. Belki başlamıştır da !

İlkel hücre kavramı, bu "kendini kopyalayan ilk molekül" den başlayan serüvende önemli bir dönemeç. Elimizde ilk hücrenin nasıl olduğuna dair bir kanıt bulunmamakta fakat ancak ne olabileceğini çok kabaca kestirebiliriz. Prokaryot olduğunu kestirebiliriz, çünkü bakteriler ve arkealar evrimsel süreçte ökaryot canlılara göre daha sonra ortaya çıkmış durumda.

Kuantum kavramı tek bir kişiye mal edilemeyeceği gibi tek bir buluşa da mal edilmez. Daha çok bir grup önde gelen bilim adamının kademe kademe bir tür kuraldışılık sezişiyle, bu alanın formüllerini ve hipotezlerini varsayımlamaları ve kanıtlamalarıyla ortaya çıkmıştır. Max Planck kuantum deyince ilk akla gelenler arasında olmakla beraber eğer illaki ilk quantum felsefesini kim atmış diye soracaksak cevabı Ludwig Boltzmann olarak vermek daha doğru olacaktır. Bu bilim adamı ilk kez enerjinin basamaklı bir yapıda olabileceğini öne sürerek kuantumu sezen ilk kişi olduğunu göstermiştir.

Doğunun (uzakdoğuyu çıkarırsak) bilimde zayıf olduğunu ben değil rakamlar söylüyor. Basılan bilimsel yayın sayısı, yayınların niteliği yani kalitesi ve yarattığı etki oldukça zayıf. Doğuda aşırma yaygın ve basit deneylerin ötesine geçilemiyor. Dünyadaki yayınlar takip edilmiyor, ingilizce seviyeleri çok düşük. Ezberci bilim yapılıyor, zeka işletilmiyor. Teknoloji ve bilimsel cihaz kesinlikle doğuda üretilmiyor, büyük şirketler yok ve bilim araç-gereç tedariği çok zayıf. Bilim adamlarından kendini ispatlamış olanlar hemen batıya kapak atmaya çalışıyor. büyük bilim insanları bu ülkelerde konferans vermeye bile çekiniyor. Nobel ödülü neredeyse yok. Daha neler neler söylenir. Bir kitap dolusu yazı yazılır bu kıyaslamayla ilgili.

Kuantumdan evrime dayanak bulmak çok mümkün iken tersi hipotezi savunmak bilim dışıdır. bilimin bir itibarı vardır ve hiçbir etnik, dini, cinsi unsurdan etkilenemez. Bilimi kirletmeyin.

Kusura bakmayın uzunca bir yazı oldu fakat bu bilim adamı müsveddelerinin o kadar çok safsatası var ki cevabın da uzun ve açıklayıcı olması gerekiyor.

Tolga Tarkan Ölmez
18.9.13 (Ankara)

Sizlerle, geçtiğimiz yıl 13. EMBL PhD sempozyumu kapsamında düzenlenen bilimsel yazı yarışmasında 1. olan Alper Devrim Özkan isimli arkadaşımın yazısını ondan izin alarak paylaşmak istiyorum. Bu yarışma dünya çapında düzenlenmekte olup; amacı, bilimsel konularda ilgi çekici bir üslupla yazı yazan gençleri (lisans veya lisansüstü eğitimine devam etmekte olan) teşvik etmek ve onların bu güzel eserlerini sempozyum aracılığıyla dünyaya duyurmaktır. Akademik diline çok güvendiğim arkadaşımı tekrar kutluyorum. Not: Alper, bu ödülü tek başına kazanmıştır.

On the Immortality of the Jellyfish

Since time immemorial, humanity has sought ways to cheat death itself. From Sisyphus’ gambit against Thanatos to Gilgamesh’s quest to avoid Enkidu’s fate, from Māui in Polynesia to Houyi in China, the chase for eternal life is a central myth in virtually every culture; and be it ambrosia or mercury, the philosopher’s stone or the apples of Iðunn, items rumored to bestow immortality abound in folklore. Not even the modern world is spared of such myths: Though the heroes of old have been ousted by doctors and scientists, the hope that a miracle cure will be found for the greatest plague of Man remains; and even if immortality in the strict sense is not achievable, the consolation prize of an extended life is more than what anyone could ask for – the more one can stave off the reaper, the better. After all, it is natural to fear the unknown and what awaits mankind beyond the mortal coil is censored better than what occurs within a black hole’s event horizon.

The myriad immortality myths folklore has to offer tend to share a common factor: Those who have already attained eternal life are often nonchalant about the worries of us bumbling mortals. As far as biology is concerned, this couldn’t be truer: Some of the animals closest to immortality happen to be in a mutual pact of ignorance with humans, a pact only broken when an unlucky swimmer steps on one by accident, for those sea-dwelling immortal hermits, known to vernacular as sponges, are not equipped with a means to move out of the way. Representatives of a crucial early step from single-celled life to complex multicellular animals, the basal status of sponges is exactly what grants them their longevity: Their relatively unspecialized tissue is easy to regenerate and they need not to take into account how to replace limbs and sensory organs upon their loss, because they lack such things completely. However, even though long-living sponges can endure for millennia, this is not to say that all sponges can live forever, as an organism can be more successful with a shorter lifespan, e.g. by allocating more resources to reproduction. Death may be an effective survival tactic for a species.

But with great specialization comes great complexity, and with great complexity comes great difficulty when attempting to balance cell senescence (that is to say, aging) with excessive cell proliferation (which equates to cancer) and in the end it’s nigh-impossible for us humans to make use of the sponge’s way of life. Bacteria, the poster children of biological immortality, are likewise not possible to imitate and have already been demonstrated to age in their own way. There is, however, a relatively complex animal with the ability to reverse the clock and revert to its juvenile form, only to mature again and repeat the cycle, potentially ad infinitum. Known mostly by their binomial designations, Turritopsis nutricula and similar hydrozoans are the only known animals with this property and the former has already made a name for itself as the immortal jellyfish, but more important than what it does is how it does it: Normally, bodily cells are derived from stem cells and lack the ability to differentiate any further, but this tiny jellyfish is capable of transdifferentiation, that is to say it can facilitate further modification of a terminally differentiated cell into completely different cell types.

Though the process not difficult to explain, its implications are vast, especially if human cells are capable of undergoing similar transformations. While it might seem unlikely that jellyfish and humans share their molecular machinery to such an extent, even the most basal of animals have a large number of genes with human homologs and similar processes occur in more derived animals such as newts during limb regeneration, and thus the reverse development of Turritopsis may have an equivalent in us. If the molecular mechanism that guides the transdifferentiation process in Turritopsis is indeed applicable to humans, patients waiting for organ transplants will benefit greatly, since this will enable the differentiation of widely available tissue into rarer types. For example, a cardiac patient might be able to “convert” some of his veins into an aortic valve or a patient with corneal ulcer may likewise grow a replacement from his own tissues. In addition, the molecular processes behind the reverse differentiation of the immortal jellyfish might offer insight into the development of stem cells, potentially allowing the generation of iPS cells without the use of oncogenes such as c-Myc and Klf4. Efforts to generate iPS cells without those factors are already underway, and the genome of Turritopsis has the potential to reveal suitable methods.

Even though our pride wouldn’t let us admit it, much of humanity’s so-called modern technology is either found in nature or an explicit imitation thereof. Insect wings are studied to construct small, autonomous flying vehicles, the desert beetle Stenocara collects water from the air in a unique manner that inspired efforts to gather water in arid regions, glass sponges synthesize optical fibers superior to man-made equivalents and myriad other examples of flawlessly optimized natural constructs exist in virtually every branch of science. This is hardly surprising, for nature holds her inventions to standards no engineer can match, where any error is punishable by extinction and constant competition by other designs necessitates constant innovation – it takes all the running a species can do, just to keep in the same place. In Turritopsis, we have an animal that has weathered selective pressures to evolve a system that allows it to cheat death, a system that is perfected over millions of generations. It is only a matter of studying the molecular basis of the hydrozoan’s developmental pathways and seeing what benefit humanity may derive from it. Even if immortality is still a long way away, perhaps, after a long line of errors involving drinking mercury and going on Grail quests, it’ll turn out to be just what we were looking for.

Newton's Atomic Apple (Newton'un Atomik Elma'sı)

Newton'un atomik elması prensibinde şu olay geçmektedir. 2000'li yılların reenkarne olmuş newton'u önceki bedenindeykenki heyecana sahiptir ve bir gün gelişen teknoloji ve bilgi birikiminin de getirdiği zihin açıklığıyla şu soru hakkında düşünür: acaba yüzyıllar önce kafama düşen elmayı ikiye bölüp de bir kaç metreden aşağı bıraksam yere aynı sürede düşer mi? eğer havasız ortamdaysak cevap "evet, aynı sürede düşer" olmalıydı. Modern Newton "elmayı bir daha bölsek (çeyrek elma) aynı sonucu görür müyüz?" diye düşündü. fizik derslerinden öğrendiği şekliyle cevap yine aynıydı. Newton büyük fizikçi olduğundan bilinmeyene yol almayı seviyordu. bu sefer elmadan 10-20 atom koparıp bırakabilmiş olmayı düşündü, tabii ki yapabilecek teknoloji olmadığından sadece düşündü. acaba aynı sürede düşer miydi? sonra daha da derine indi. acaba düşer miydi?

Kadın - Erkek Eşitliği

GDO zararsızdır!

"Genetiği değiştirilmiş organizmalar"'ın kısaltması olan GDO, basitçe yabancı DNA moleküllerinin bir canlıya aktarımı ve ona yarayışlı özellikler kazandırılması olayıdır.

GDO üretilirken çoğu zaman pozitif fayda sağlayan tek bir gen kullanılmaktadır. Bu, bir hastalığa direnç geni, soğuktan korumaya karşı antifriz geni, tohum verimliliği artıran damızlık etkisi olan bir gen vs. olabilir. Bu gen aktarım metotları yıllardır büyük çabalarla yapılmaktadır, sanılanın aksine geçen yıl başlamamıştır. Gen aktarımında kullanılan metotlar, öncelikle bakterilerde 41 yıl önce 1970 yılında DNA kesici enzimlerinin keşfiyle başladı. Otuz yılı aşkın bir süredir de hayvan, bitki ve insan genleri, genomları değiştirilmekte ve bu iş profesyoneller tarafından büyük bir başarımla bulaşıcılık riski olmadan gerçekleştirilmektedir. Kaldı ki kullanılan genetik yöntemler, bakteriler gibi doğal gen aktarım yöntemlerini çok sıkça kullanan canlıların mekanizmalarını en üst düzeyde taklit ediyor. Kullanılan yöntemlere neredeyse doğal diyebiliriz. Zaten bu gibi sebeplerden dolayı bakterileri bilimsel araştırma konusu yapıyoruz. (Bakteriler ve diğer canlılarda da türler arası gen aktarımı sıkça görülmektedir ve TAMAMEN doğaldır.)

Aktarılan genler yapay olarak laboratuvarda üretilebildiği gibi fare gibi bir canlıdan da çıkarılıp bitkiye ya da hayvana aktarılabilmektedir. Yapay ve doğal genlerin aktarıldığı canlıdaki etkilerinin yüzde yüz aynı oldukları defalarca gösterilmiştir, çünkü nereden çıkarılırsa çıkarılsın zaten tıpatıp aynı moleküllerdir.

Bitkilerdeki gen sayıları oldukça değişkendir, fakat tükettiğimiz bitkiler çok kabaca 25.000 civarı gene sahiptirler. Biz organik diye tabir edilen her bitkiyi tükettiğimizde 25.000 civarı gen de yemiş oluyoruz ama genetik bütünlüğümüze hiç bir zaman bir şey olmuyor. Yani gen tüketmek insanın genomunu değiştirmiyor. GDO'da ise 25.000 genden yalnızca bir tanesi değiştiriliyor. Bu değişimin sonucunda eklenen genlerin değişmediği, bozulmadığı veya yanlış bir ürün üretmediği kontrol edilebiliyor ve yanlış transgenik ürün bertaraf ediliyor. Sağlıklı ve kurallara uygun bir şekilde aktarılan gen ise bitkinin genomunun bir parçası oluyor ve bitkinin bütün genomunu bozabilecek bir etkiye maruz kalmadıkça (çok yüksek radyasyon) transgenik gen içeriği bozulmuyor veya yanlış protein üretmiyor.


Yöneltilmekten zevk alınan dini bir argümana cevap olarak: Sanıldığının aksine domuz geni bitkiye aktarıldığında haram bitki üretmiş olmayız, sebebi şudur: Bütün DNA molekülleri SADECE ve SADECE adenin (kısaltma: A), guanin (G), sitozin (C), timin (T) ve urasil (U) nükleotitlerinden (DNA'nın yapıtaşları nükleotitlerdir) meydana gelmektedir. Teknik olarak domuz DNA'sıyla insan DNA'sı arasında dıştan da baksanız içten de baksanız 3 boyutlu yapıda hiçbir fark yoktur. Farkı yaratan yalnızca ve yalnızca bu beş nükleotidin dizilişindeki farklılıklardır (ATGC yerine TTGC gibi). Domuz ve insan genomu (hücre çekirdeğindeki DNA'nın tümü) birbiriyle inanılmaz derecede aynıdır. Çok çok ufak "diziliş" farklılıkları domuzu domuz, insanı insan yapan farklılıklar oluverir. Laboratuvarda bakteri ve domuz geni üretmekle, insan geni üretmek arasında teknik olarak hiçbir fark yoktur. Domuzda 20.000'in üzerinde gen bulunmaktadır ki bunların büyük çoğunluğu işlev olarak insanınki ile aynıdır. Dolayısıyla domuz geni üretmekle insan geni üretmek arasında hiçbir fark yoktur ve bu, haram ürün üretmeye sebep olamaz.

Sıkça duyulan "gen terapisi" yöntemindeki amaç GDO üretmektir. GDO burada insandır. Gen terapisi yönteminde yabancı DNA ve RNA makromolekülleriyle insan genomuna (genetik dizilim) doğrudan bir etki söz konusudur. GDO tüketimi sonrası oluşabilecek sağlık problemlerinin oluşma riskinin yüzbinlerce katı gen terapisi için geçerlidir ama işin adı "sağlık" olduğunda insanlar bu tedaviye karşı çıkamıyorlar. Yine gen terapisine karşı bir toplumsal oluşum göremedim, halbuki çok dikkatli olunması gereken olumlu bir teknoloji.

Bu işin en profesyonel şekilde ve yoğun kontrol altında yapılması hepimizin dileğidir ve bu şartlara uyulduğu takdirde GDO'nun insan sağlığına kısa ve uzun vadede hiçbir zararı olmayacaktır. Genetik bilimi size bu güveni verecek kadar ilerlemiştir. "Ben genetikçiyim, gdo çok zararlı" diye ortaya çıkan profesörler ise ya gerçekleri bildiği halde duygu sömürüsü yaparak cebini doldurmak amacında yahut hakikaten genetik hakkında "herhangi" bir bilgisi bulunmuyor.

Tolga Tarkan Ölmez
30 Ocak 2012